Samodzielny Zakład Biologii Mikroorganizmów został utworzony w styczniu 2008 roku dla zaspokojenia potrzeb SGGW w zakresie wprowadzenia nowoczesnego programu naukowo-dydaktycznego w dziedzinie mikrobiologii. Pracownicy Zakładu rekrutują się z dawnego Zakładu Mikrobiologii Rolniczej Katedry Nauk o Środowisku Glebowym i Katedry Biochemii Wydziału Rolnictwa i Biologii SGGW, z Zakładu Biochemii Drobnoustrojów i Zakładu Biochemii Roślin Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN oraz z Zakładu Mikrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego. Dzięki tej kombinacji kadry Zakładu możliwe było połączenie doświadczeń w zakresie nauk aplikacyjnych skierowanych na potrzeby rolnictwa, leśnictwa i hodowli zwierząt, z doświadczeniami w zakresie badań nad mikroorganizmami za pomocą najnowszych technik biologii molekularnej, biochemii i genetyki. Celem prac prowadzonych w Zakładzie jest poznanie biologii mikroorganizmów różnych środowisk oraz zbadanie możliwości i opracowanie metod wykorzystania wybranych mikroorganizmów dla potrzeb medycyny i gospodarki.

Zakład mieści się na parterze i na III piętrze budynku 37 przy ulicy Nowoursynowskiej 159. Dysponuje dwoma nowoczesnymi salami ćwiczeń dla studentów oraz pięcioma laboratoriami badawczymi.