Drobnoustroje mają podstawowe znaczenie zarówno w kształtowaniu naturalnych środowisk jak i środowisk wytworzonych z związku z działalnością człowieka. Są też czynnikiem sprawczym większości znanych chorób roślin, zwierząt i człowieka oraz jednym z najistotniejszych elementów naturalnych procesów biokontroli. Dodatkowo służą jako markery w monitorowaniu zanieczyszczeń środowiska. Współczesne wymogi gospodarki stwarzają potrzebę dynamicznego rozwoju badań nad charakterystyką i wykorzystaniem naturalnych zasobów mikroorganizmów oraz kształcenia kadr przygotowanych do pracy z pomocą zarówno tradycyjnych jak i najnowszych technik mikrobiologicznych. 

Badania realizowane w SZBM w ramach zadania „Występowanie, biologia, znaczenie i wykorzystanie mikroorganizmów różnych środowisk oraz ich pozachromosomalnych elementów genetycznych” mają na celu:

• pozyskanie wiedzy na temat bioróżnorodności mikroorganizmów występujących w konkretnych środowiskach,

• roli mikroorganizmów w kształtowaniu różnych środowisk,

• zbadanie możliwości wykorzystania potencjału kodującego poszczególnych mikroorganizmów i ich pozachromosomalnych elementów genetycznych w biokontroli, diagnostyce, oraz w pozyskiwaniu związków chemicznych lub technologii interesujących z punktu widzenia gospodarki.