Head of Department: Dr Łobocka Małgorzata Associate Professor

Phone: 0 48 22 593-2760

e-mail: malgorzata_lobocka@sggw.pl

• Dr Błaszczyk Mieczysław Associate Professor
• Dr Gajewska Julita Senior Lecturer
• Dr Górska Ewa Assistant Professor
• Dr Łobocka Małgorzata Associate Professor
• Dr Rekosz-Burlaga Hanna Assistant Professor
• Dr Russel Stefan Full Professor
• Dr Sochacka – Piętal Marta Assistant Professor
• M.Sc Wawrzyński Adam Assistant

M.Sc. Gągała Urszula

M.Sc. Goryluk Agata

M.Sc. Kubiak Katarzyna

M.Sc. Michałowska Monika

M.Sc Malak Anna

M.Sc Woźniak Anna

M.Sc Woźniczka Karolina

1. Analysis and application of selected microorganisms and microbial communities of different environments.
2. Microorganisms as biocontrol agents.
3. Identification and characteristics of biotechnologically useful products of bacterial or viral origin.

Gajewska J., Skibińska E., Kędzior D., Rekiel E1)., Batorska M1).: Influence of probiotic preparations that contain bacteria of the genus Bacillus on the composition of piglets intestinal microflora (1) Department of Animal Breeding, Faculty of Animal Sciences, SGGW)

The aim of this work was to determine the influence of probiotic preparation Milkiwean Presto Plus, containing Bacillus subtilis and Bacillus licheniformis bacteria as well as phytatase, xylanase and glucanase enzymes, on qualitative and quantitative composition of piglets intestinal microflora.

The effect of the tested preparation appeared beneficial. Bacteria from the genus Lactobacillus and Pediococcus predominated in piglets faeces before weaning. The total number of lactic acid bacteria on MRS medium (1,13 x 10 8 c.f.u. g-1) increased in the tested piglets as compared to the control group. After weaning, the total number of these bacteria decreased to the level of control group (1,26 x 107 c.f.u. g-1).

Gajewska J., Dąbrowski, K., Skibińska E., Kędzior D.: Isolation and characterization of predatory bacteria of the genus Bdellovibrio in municipal sewage

The aim of this work was the isolation, characteristics and identification of predator bacteria from the genus Bdellovibrio, which could be potentially used in reducing the number of bacterial pathogens in municipal sewage from the Municipal Sewage Treatment Plant in Sulejowek Milosna. One Bdellovibrio sp. strain was obtained and characterized. It preys on a pathogenic Aeromonas hydrophila strain, as determined based on the results of Api bio Merieux tests.

Gajewska J., Kurowska M., Skibińska E., Kędzior D.: Antagonistic activity of bacteria of the genus Pseudomonas against fungi of the genus Fusarium

The work concerned the isolation of Pseudomonas spp. strains antagonistic against pathogenic fungi of the genus Fusarium. Samples for qualitative and quantitative microbiological examinations were taken from pedosphere (25 cm upper layer of soil) and phyllosphere (leaves) in the area of grain farm belonging to the Plant Collection of Warsaw University of Life Sciences (SGGW). Regions of Fidelio wheatrye, Stach F1 rye, Berga winter wheat and Bazant barley cultivations were included in the analysis. Strains of Pseudomonas putida and P. fluorescens bacteria as well as Fusarium oxysporum, F. solani, and F. culmorum fungi were isolated and identified. The Pseudomonas spp. representatives isolated had a significant antagonistic activity against F. culmorum. However, they did not influence the growth of F. solani.

Gajewska J., Pyrzanowska M., Skibińska E., Kędzior D.: Microbiological evaluation of organic waste compost from the Łódź compost plant

The main goal of this work was the microbiological evaluation of organic waste compost, produced by the Lodzensis Compost Co., that works in the MUT Kyberferm system. The total number of aerobic mesophilic bacteria did not change significantly after 2 months of compost maturation, and pathogenic Salmonella spp. bacteria were not detected. However the relative numbers of bacteria of different genera changed with respect to each other. While the total number of E. coli, Enterococcus spp. bacteria and aerobic cellulolytic bacteria decreased, the total number of lactic acid bacteria and actinomycetes increased. Additionally, the large number of strictly anaerobic mesophylic and thermophylic bacteria from the genus Clostridium (nearly 106 c.f.u.g-1) and the decrease in the number of sulphite reducing Clostridium perfringens bacteria and hyphal fungi were observed.

Górska E., Stępień W., Łokietek D.R.: The microbiological activity of soil at the plantation of Miscantus sinensis (energetic plant) following differential mineral fertilization

Experiments were carried out at the Skierniewice Experimental Station of the Faculty of Agriculture and Biology of the Warsaw University of Life Sciences. Samples for microbiological analysis were taken during spring, summer and fall from soil cultivated for three years with M. sinensis and treated with differential mineral fertilizers. The influence of fertilization and the time frame of sample collectin on the microbiological activity of soil appeared significant.

Górska E., Łokietek D.R.: The biological activity of soils contaminated with heavy metals

Soil samples were taken from the Industrial Silesian Region close to the Katowice Steelworks and cokery at Dąbrowa Górnicza town, at the distance of 2, 4, 6, 8 and 10 km from the source of pollution. Results of chemical analysis revealed a differential degree of soil contamination with heavy metals. The influence of contamination on the biodiversity of bacteria and mold fungi was significant. Fungi of the genus Aspergillus predominated in soil samples taken at a distance of 2 km from the source of pollution. However, their number was decreasing in soil samples from more distant regions, where fungi from the genus Trichoderma and Gliocladium prevailed. Representatives of Penicillium sp. and Absidia sp. were isolated from all tested samples, independently of the sampling region.

Błaszczyk M., Skibińska E., Kędziora D.: Fermentative hydrogen production from mollasses by mixed cultures

Continuous cultures of molasses fermenting bacteria were grown under different conditions to obtain the maximal efficiency of hydrogen production. Kinetic parameters of the cultures, including pH, temperature, hydraulic retention time, changes in the concentration of molasses and hydrogen yield were monitored. The hydrogen obtained could be potentially used as an energy source in a Direct Hydrogen Fuel Cell. Optimization of condition of excess biomass removal and anaerobic granules formation (UASB type) in the bioreactor requires further studies.

Kubiak, K., Błaszczyk M., Skibińska E., Kędzior D.: Microbial filters as a natural removal method of pathogens from water

Water from natural containers that is used to water seedlings of oak in forest plantations contains plant pathogens. They can infect seedlings and cause their loss. Natural, properly formed filters are permeable to water nutrients. Additionally, we demonstrate that they promote the formation of biofilms which reduce the penetration of fungal and bacterial pathogens through the filters significantly. Microbial communities of biofilms of selected filters were analyzed qualitatively and quantitatively with respect to both culturable and non-culturable bacteria. Further studies are in progress to determine whether the use of filters can protect oak seedlings from infections.

Błaszczyk M., Gajewska J., Rekosz-Burlaga H., Skibińska E., Kędzior D., Dudkiewicz B.: Evaluation of soil microbiological activity

Presently the first stage of microbial analysis research in the forest soil samples from the stand of the trees, artificial gaps or natural ones in tree definied forest inspectorates Krynki, Jabłonna i Dobieszyn has been conducted. The conclusion from the initial observation is that microbial communities in these three regions: in the stand of trees and gaps are different as far as the quantity is concerned.

Goryluk A., Rekosz-Burlaga H., Błaszczyk M., Skibińska E., Kędzior D.: Endophytic bacteria which may be used biotechnologically

34 bacterial strains were isolated from Chelidonium majus. They belong to two different Bacillus species, as determined based on the results of molecular, physiological and biochemical analysis. One of these strains, that was classified as Bacillus thuringiensis, appeared to inhibit growth of a few selected species of mold fungi. Further studies are in progress to isolate and identify the anti-fungal substance produced by the isolated strain of Bacillus thuringiensis.

Rekosz-Burlaga H.R., Skibińska E., Kędzior D.: Isolation and preliminary characterization of endophytic bacteria and epiphytic microorganisms inhabitating selected plants

Studies were initiated in 2007 and performed on overground parts of selected plants, including Chelidonium majus and Hypericum perforatum. Plants for studies were collected from different settlings around Warsaw (Kampinos Forest, Warsaw Escarp, Wisła Old River-Bad), three times during each vegetative season (in spring, summer and fall). Microbiological analysis revealed the occurrence of endophytic bacteria in overground parts of both Chelidonium majus and Hypericum perforatum . Numerous strains of endophytic bacteria were isolated from leave and stem tissues of both plants. To find out whether the same bacteria that inhabit intercellular tissue spaces can be found on outer parts of plants, studies were extended to the phyllosphere and rhizosphere. Characteristics of epiphytic microorganisms included identification of phyllobacteria and fungi inhabiting overground parts of plants and their quantitative dynamics during the vegetative season. The aim of further studies is to group the isolated endophyic and epiphytic microorganisms taxonomically and to determine their enzymatic, anti-fungal and anti-proliferative activity.

Russel S., Łokietek, R.: Sanitary study of selected farm buildings

The aim of work was to study the occurrence of toxin producing fungi in three selected farm buildings: a stable, hen house and cowshed, located in the Raszyn province. The investigations concerned the analysis of total number of bacteria and fungi in selected buildings and were carried out in one month intervals during one year. The isolation and identification of bacterial and fungal strains were also done. The isolated strains were checked for susceptibility to selected disinfectants.

Russel S., Prędecka A., Olejniczak I., Barszczewski J.: Effect of controlled fire on meadow soils and the rate of colonization of burned areas

The aim of present work was to study the effect of controlled fires on biological activity of meadow soils. The total biomass of stems, leaves and roots and average biomass of soil animals were used as soil biological indicators. The studies included determination of botanical composition of grass population and colonization of burned areas by nematodes, earthworms and enchytraeid worms. Micromorphology of burned soils was also analyzed.

Michałowska M.A., Russel S.: Characterization of Myxococcales strains isolated from selected Polish soils

The aim of studies was to characterize the biodiversity of myxobacteria occurring in selected types of olish soils. The isolated strains of myxobacteria were characterized on the basis of morphology, physiology, biochemistry and molecular biology. The work was performed using routine microbiological methods of isolation, purification and characterization of microbes. The morphology of isolated strains was studied by light, electron and laser microscopy. PCR and RFLP were used to obtain data for phylogenetic analysis of isolated strains.

Gągała U.2), Łobocka M.B.1,2): Identification and functional characterization of P1 bacteriophage prohead protease. (1)Department of Microbial Biology, Faculty of Agriculture and Biology, SGGW, 2) Department of Microbial Biochemistry, Institute of Biochemistry and Biophysics, PAS)

Endopeptidases that recognize and cleave sites of highly specific sequences in polypeptide chains are useful biotechnological tools in the purification of recombinant proteins. Bacteriophage prohead proteases are enzymes that could potentially belong to this category. The aim of this work was to identify the prohead protease of bacteriophage P1, and its substrates. The proteomic analysis of P1 virion proteins revealed at least two head components that were proteolytically processed during head maturation. One of them appeared to be a major capsid protein. The second one had significant homologies to matallopeptidases of metzinzin family. Surprisingly, both proteins are proteolytically cleaved at similar motifs of their amino acid sequence. We hypothesize that the P1 metzinzin is involved in the autocatalytic cleavage of itself as well as in the maturation of major capsid protein.

1. Gajewska J., Masznicz M., Rekiel A., Batorska M., Pawlicka E., Więcek J., 2008: “Skład mikroflory prosiąt i tuczników otrzymujących dodatek preparatu probiotycznego i/lub kwasu benzoesowego”. Roczniki Naukowe Polskiego Towarzystwa Zootechnicznego 4,3: 165-174.
2. Michalczuk M., Gajewska J., Górska A., Niemiec J., Rekosz-Burlaga H., 2008: “Efektywność preparatu roślinnego i kwasu 3-hydroksy-3-metylomasłowego w żywieniu kurcząt brojlerów”. Roczniki Naukowe Polskiego Towarzystwa Zootechnicznego 4,2: 65-72.
3. Gajewska J., Twardowska A., Woszczyk M., Rekiel A., Batorska M., 2008: “Wpływ różnych dodatków paszowych w programach żywienia na skład mikroflory kałowej rosnących świń”. Ekologia i Technika 16(96A) 5A: 33-37.
4. Gajewska J., Dąbrowski K., 2008: “Izolacja oraz identyfikacja drapieżnych bakterii z rodzaju Bdellovibrio w ściekach komunalnych”. Ekologia i Technika 16(96A) 5A: 38-41.
5. Gajewska J., Kubiak K., 2008: “Efektywność osadu czynnego w usuwaniu fenolu ze ścieków petrochemicznych”. Ekologia i Technika 16(96A) 5: 215-218.
6. Rekosz-Burlaga H., Garbolińska M., Naprawska A., Makulec G., Gajewska J., 2008: “Wpływ drożdżownic Aporrectodea caliginosa na wybrane wskaźniki mikrobiologiczne w glebie”. Ekologia i Technika 16(96A) 5: 146-149.
7. Błaszczyk M., 2008: “Gdzie występują psychrofile?”. Postępy Mikrobiologii 47,3: 207-213.
8. Górska E.B., Stępień W., 2008: “Wpływ kompostu z osadu ściekowego na wybrane właściwości gleby”. Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych 533: 139-146.
9. Górska E.B., Kubasik R., Korc M., 2008: “Microorganism, abundance in selected soils from the Huta Katowice steel mill area”. Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych 533: 131-137.
10. Augustynowicz J., Pietkiewicz S., Kalaji M.H., Russsel S., 2008: “Wpływ preparatów EM na wybrane parametry fizjologiczne roślin energetycznych nawożonych osadem ściekowym na przykładzie śluzowca pensylwańskiego (Sida hermaphrodita)”. Ekologia i Technika 16(96A) 5A: 11-19.
11. Michałowska M.A., Russel S., 2008: “Charakterystyka miksobakterii występujących w glebach leśnych Puszczy Białej”. Ekologia i Technika 16(96A) 5A: 102-106.
12. Russel S., Paluchowska-Święcka O., 2008: “Wpływ temperatury na zawartość grzybów w powietrzu pomieszczeń użytkowania rolniczego”. Ekologia i Technika 16(96A) 5A: 150-155.
13. Michałowska M.A., Russel S., 2008: “Występowanie i rola miksobakterii w środowisku naturalnym”. Postępy Mikrobiologii 47,3: 215-225.
14. Rekiel A., Gajewska J., Pawlicka E., Masznicz M., Tokarska G., Kulisiewicz J., 2008: “Charakterystyka enterokoków kałowych izolowanych od prosiąt otrzymujących preparaty Lactiferm lub/i Biogen”. Medycyna Weterynaryjna 64,9: 1141-1145.
15. Gajewska J., Rekiel A., Pawlicka E., 2008: "Enterokoki - właściwości funkcjonalne i wykorzystanie". Przegląd Hodowlany 76, 8: 17-19.

1. Gajewska J., Pladys W., Ogrodnik A., Sysa P., 2008: "Wpływ katalitycznego działania ditlenku tytanu zawartego w farbach malarskich na wzrost mikroorganizmów". Materiały XIII Konferencji Naukowej "Jony metali i inne czynniki abiotyczne w środowisku" 12-13 maja, Akademia Rolnicza im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.
2. Gajewska J., Dąbrowski K., 2008: "Izolacja oraz identyfikacja drapieżnych bakterii z rodzaju Bdellovibrio w ściekach komunalnych". 42 Międzynarodowa Konferencja Naukowa "Postępy w mikrobiologii i higienie środowiska", Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy w Bydgoszczy, 12-14 czerwca, str. 51.
3. Gajewska J., Kubiak K., 2008: "Efektywność osadu czynnego w usuwaniu fenolu ze ścieków petrochemicznych". 42 Międzynarodowa Konferencja Naukowa "Postępy w mikrobiologii i higienie środowiska", Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy w Bydgoszczy, 12-14 czerwca, str. 52-53.
4. Gajewska J., Rekosz-Burlaga H., Pladys W., Ogrodnik A., Sysa P., 2008: "Ocena działania fotoreaktora i farby malarskiej z ditlenkiem tytanu w stosunku do mikroflory powierza warchlakarni". 42 Międzynarodowa Konferencja Naukowa "Postępy w mikrobiologii i higienie środowiska", Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy w Bydgoszczy, 12-14 czerwca, str. 54-55.
5. Gajewska J., Twardowska A., Woszczyk M., Batorska M., Rekiel A., 2008: "Wpływ preparatów zawierających bakterie z rodzaju Bacillus na skład mikroflory kałowej rosnących świń". 42 Międzynarodowa Konferencja Naukowa "Postępy w mikrobiologii i higienie środowiska", Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy w Bydgoszczy, 12-14 czerwca, str. 56-57.
6. Rekosz-Burlaga H., Garbolińska M., Naprawska A., Makulec G., Gajewska J., 2008: "Wpływ drożdżownic Aporrectodea caliginosa na wybrane wskaźniki mikrobiologiczne w glebie”. 42 Międzynarodowa Konferencja Naukowa "Postępy w mikrobiologii i higienie środowiska", Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy w Bydgoszczy, 12-14 czerwca, str. 52-53.
7. Gajewska J., Dąbrowski K., 2008: "Izolacja oraz charakterystyka bakteriofagów i bakterii z rodziny Pseudomonadaceae bytujących w ściekach komunalnych". XXVI Zjazd Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów. Materiały Naukowe. Szczecin, 4-7 września 2008. Pomorska Akademia Medyczna w Szczecinie. XII, 4P, 174.
8. Gajewska J., Jacak P., Babiński L., 2008: "Mikrobiologiczna kolonizacja współczesnego drewna dębu (Quercus sp.) i sosny (Pinus sylvestris, L.) po 4 latach zalegania w glebie zalanej wodą na stanowiskach archeologicznych w Biskupinie". XXVI Zjazd Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów. Materiały Naukowe. Szczecin, 4-7 września 2008. Pomorska Akademia Medyczna w Szczecinie.10P, 177.
9. Gajewska J., Laks M., 2008: "Characteristics of faecal Bifidobacterium sp. bacteria isolated from patient with colitis ulcerosa diagnosis". II European Conference of Probiotics and their applications, EUPROBIO 2008, Cracow, 15-17 X. 79P.
10. Goryluk A., Rekosz-Burlaga H., Błaszczyk M., 2008: "Izolacja i charakterystyka szczepów endofitycznych glistnica jaskółcze ziele (Chelidonium majus)". 42 Międzynarodowa Konferencja Naukowa "Postępy w mikrobiologii i higienie środowiska", Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy w Bydgoszczy, 12-14 czerwca, str. 68-69.
11. Błaszczyk M., 2008: "Gdzie występują psychrofile". XXVI Zjazd Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów. Materiały Naukowe. Szczecin, 4-7 września 2008. Pomorska Akademia Medyczna w Szczecinie.
12. Górska E.B., Kubasik R., 2008: "Aktywność mikrobiologiczna gleb Górnośląskiego Okręgu Przemysłowego”. XXVI Zjazd Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów. Materiały Naukowe. Szczecin, 4-7 września 2008. Pomorska Akademia Medyczna w Szczecinie, str. 111-112.
13. Górska E.B., 2008: "Wpływ wyeksploatowanych odpadów po produkcji owocników Pleurotus ostreatus oraz trocin z sosny". 42 Międzynarodowa Konferencja Naukowa "Postępy w mikrobiologii i higienie środowiska", Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy w Bydgoszczy, 12-14 czerwca, str. 70.
14. Augustynowicz J., Pietkiewicz S., Kalaji M.H., Russel S., 2008: "The effect of the EM technology on the physiological parameters of energetic plant Virginia maslow fertilized with sewage sludge". 42 Międzynarodowa Konferencja Naukowa "Postępy w mikrobiologii i higienie środowiska", Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy w Bydgoszczy, 12-14 czerwca.
15. Russel S., Paluchowska-Święcka O., 2008: "Wpływ temperatury na zawartość grzybów w powietrzu pomieszczeń użytkowania rolniczego". 42 Międzynarodowa Konferencja Naukowa "Postępy w mikrobiologii i higienie środowiska", Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy w Bydgoszczy, 12-14 czerwca.
16. Michałowska M.A., Russel S., 2008: "Characteristics of myxobacteria occurring in selected forest soils of Puszcza Biała". 42 Międzynarodowa Konferencja Naukowa "Postępy w mikrobiologii i higienie środowiska", Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy w Bydgoszczy, 12-14 czerwca.
17. Paluchowska-Święcka O., Russel S., 2008: "Występowanie grzybów w powietrzu pomieszczeń szpitalnych o podwyższonych wymaganiach czystości". XXVI Zjazd Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów. Materiały Naukowe. Szczecin, 4-7 września 2008.
18. Augustynowicz J., Pietkiewicz S., Kalaji M.H., Russel S., 2008: "Wpływ preparatów EM na wybrane parametry fizjologiczne roślin energetycznych nawożonych osadem ściekowym na przykładzie Polygonum sachalinense". XXVI Zjazd Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów. Materiały Naukowe. Szczecin, 4-7 września 2008. Pomorska Akademia Medyczna w Szczecinie.
19. Michałowska M.A., Russel S., 2008: "Charakterystyka miksobakterii występujących w wybranych glebach rolniczych okolic Gdańska". XXVI Zjazd Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów. Materiały Naukowe. Szczecin, 4-7 września 2008. Pomorska Akademia Medyczna w Szczecinie.
20. Michałowska M.A., Russel S., 2008: "Wpływ czynników abiotycznych na występowanie miksobakterii w wybranych glebach leśnych Puszczy Białej". Materiały XIII Konferencji Naukowej "Jony metali i inne czynniki abiotyczne w środowisku" 12-13 maja, Akademia Rolnicza im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.
21. Gągała U., Łobocka M., 2008: “Searching for a head processing protease of the enterobacteria phage P1”. Materiały X Jubileuszowej konferencji "Vaccines: Advances in Plant and Microbial Biotechnology, Infectious Immunity and Cancer Therapy" SGGW, Warszawa, 28-29 listopada 2008.1: 206.
22. Juszczuk O., Dobruk-Serkowska A., Karczmarczyk A., Łobocka, M., 2008: “Formation of intracellular filaments by wild-type and mutant partitioning ATPase of P1 plasmid”. Materiały z konferencji: "International Plasmid Biology Conference 2008", Uniwersytet Gdański, Gdańsk, 30 sierpnia - 5 września 2008. 1:68.
23. Lewandowska M., Weber-Dąbrowska B., Sadowy E., Krzysztoń-Rusjan J., Empel J., Górski A., Łobocka M., 2008: “Structural and functional analysis of a therapeutic Staphylococcal bacteriophage and its selected genes”. Materiały z międzynarodowej konferencji: "Phage Biology, Ecology and Therapy Meeting" June 12-15, 2008, Tbilisi, Georgia. 1: 58.